为适应海南省医药产业飞速发展对于高素质药学专业人才的渴求，海南医学院作为我省唯一的高等医药院校主动承担起为医药行业培养高素质药学专业人才的重任，2000年药学专业筹备成立，2001年始招生，已连续招生8届688人，毕业4届229人，2007年我校药学专业被海南省教育厅确定为首批13个特色专业之一；在成功创办药学专业的基础上，2007年又增设了中药学和医药市场营销学两个新专业，已连续招收2届近200人；使海南省高等药学教育的框架趋于合理。

    药学系现有药物化学、药物分析与制剂、中药学、营销学、药理学、有机与物化、无机与分析7个教研室和药学专业课与化学分析等2个教学实验室；共有教职工83人，其中专任教师56人，教授6人，副高职10人，博士10人，教师中78%具有硕士以上学位；教师中海南省有突出贡献的优秀专家1人，海南省“515人才工程”第一层次1人，海南省人民政府引进优秀人才2人，省重点学科-药物化学责任教授和省重点实验室主任各1人次，合作博士生导师1人，兼职硕士生导师4人，自2001年起与中国药科大学和沈阳药科大学等国内著名医药院校的教授联合培养硕博研究生14名，5人已经取得硕士学位，自2007年起与沈阳药科大学的教授开始联合培养博士研究生。教师中9人次担任中国药学会理事和相关专业委员会委员、全国高等药学教育研究会理事、中国自然资源学会中药天然药物专业委员会委员和中国药材GAP(香港)研究促进会理事及海南省药学会副理事长等职，4人次担任国家核心期刊《药物分析杂志》编委和《中国药房》、《中国热带医学》和《现代中药研究与实践》常务编委等。

   “为医药行业输送实用型人才，给制药企业提供技术性服务”一直是我们的办学宗旨。药学系自成立之日起，就受到省市政府及各相关职能部门的高度关注和大力支持。全省药学专业唯一的“重点(扶持)学科-药物化学”和专门从事南药和黎药研究的“海南省热带药用植物研究开发重点实验室”都落户在药学系。因为教学工作出色被学院评为2007年度教学先进单位。

    目前，药学系已逐渐成为海南省高级药学人才培育的摇篮！现代药物创新的技术平台！高等药学教育和学术交流的主要窗口！